祭神は積羽八重事代主命（つみはやえことしろぬしのみこと）。その昔、神功皇后の新羅遠征の時、この神がその艦を守ったといういわれから、舟寄神社と名付けたといわれます。船員や漁業者が篤く崇敬し、氏子の漁民は漁獲ごとに初穂を神前に供し加護を祈りました。